2.-Fuerza. La Fuerza de la Armada está constituida por la Flota, dependiente directamente del AJEMA. Tiene como cometido principal alistas las estructuras operativas navales capaces de desplegar en operaciones de carácter específico, conjunto o combinado. Además es responsable de canalizar el apoyo logístico específico necesario para mantener dichas operaciones. 

La Flota se organiza en: Cuartel General de la Flota, Cuartel General Marítimo de Alta Disponibilidad, Fuerza de Combate de Superficie (FUCOM), Fuerza de Acción Marítima (FAM), Fuerza de Infantería de Marina (FIM), Flotilla de Submarinos (FLOSUB), Flotilla de Aeronaves (FLOAN), Centro de Evaluación y Certificación para el Combate (CEVACO) y Centro de Doctrina de la Flota (CEFLOT).

2.1.-Cuartel General de la Flota. Encuadra los medios humanos y materiales necesarios para asistir al Almirante de la Flota en el ejercicio del mando de la Flota. Dispone de un Estado Mayor que se constituye como el principal órgano de apoyo y asesoramiento del Almirante de la Flota para la preparación de la fuerza y la gestión de los recursos puestos a su disposición.

41ª Escuadrilla de Escoltas. 

Fuerza de Medidas Contraminas

2.4.-Fuerza de Acción Marítima (FAM). Esta formada por el conjunto de unidades que tienen por cometido principal prepararse para proteger los intereses marítimos nacionales y el control de los espacios marítimos de soberanía e interés nacional, contribuyendo al conjunto de actividades que llevan a cabo las distintas administraciones públicas con responsabilidades en el ámbito marítimo. Esta compuesta por Buques de Vigilancia Marítima, Unidades Auxiliares, Buques Científicos y el Buque Escuela.

Con estos buques, la FAM también colabora con las Fuerzas y Cuerpos de Seguridad del Estado en misiones de policía marítima, según los acuerdos vigentes, y con otros departamentos ministeriales en tareas de vigilancia de pesca, de investigación científica, de salvamento y de lucha contra la contaminación marina.

Asimismo, se encuadran en la FAM los Centros y Organismos de la Armada especialmente vinculados a la acción del Estado en la mar, como son el Centro de Buceo de la Armada y el Instituto Hidrográfico de la Marina.

El mando de la Fuerza de Acción Marítima lo ejerce un Vicealmirante del Cuerpo General de la Armada en situación de servicio activo, con la denominación de Almirante de Acción Marítima.

El Almirante de Acción Marítima tendrá por misión la preparación de las fuerzas y medios asignados, y la coordinación y ejecución de la acción Marítima de la Armada, bajo la dirección del Almirante Jefe del Estado Mayor de la Armada, de quien dependerá directamente, para garantizar la presencia naval en nuestros espacios de soberanía y la protección de los intereses marítimos nacionales. Se organiza:

Comandante del Mando Naval de Canarias 

Comandante del Sector Naval de Baleares 

Centros Especializados en Asuntos Marítimos:

-Instituto Hidrográfico de la Marina 

-Centro de Buceo de la Armada  

-Comandancia Naval de Algeciras

-Comandancia Naval de Alicante

-Comandancia Naval de Almería

-Comandancia Naval de Barcelona

     Ayudantía Naval de Rosas

-Comandancia Naval de Bilbao

-Comandancia Naval de Cádiz 

-Comandancia Naval de Cartagena

-Comandancia Naval de Ceuta

-Comandancia Naval de La Coruña

-Comandancia Naval de El Ferrol

-Comandancia Naval de Gijón

-Comandancia Naval de Huelva 

     Ayudantía Naval de Ayamonte

-Comandancia Naval de Mahón

-Comandancia Naval de Málaga

-Comandancia Naval de Melilla

-Comandancia Naval del Miño

-Comandancia Naval de Palma de Mallorca

     Ayudantía Naval de Ibiza

-Comandancia Naval de Las Palmas de Gran Canaria

     Ayudantía Naval de Arrecife

     Ayudantía Naval de Puerto del Rosario

-Comandancia Naval de San Sebastián

     Ayudantía Naval de Bidasoa

-Comandancia Naval de Santander 

-Comandancia Naval de Sevilla

-Comandancia Naval de Tarragona

-Comandancia Naval de Tenerife

     Ayudantía Naval de Santa Cruz de La Palma

     Ayudantía Naval de San Sebastiánde la Gomera

-Comandancia Naval de Valencia

     Ayudantía Naval de Castellón

-Comandancia Naval de Vigo

Ayudantía Naval de Villagarcía de Arousa

2.5.-Fuerza de Infantería de Marina (FIM). Tiene como misión principal la ejecución de operaciones militares en tierra iniciadas en la mar, así como otras acciones, de acuerdo a su capacidad de combate terrestre, independientemente de su carácter conjunto o combinado. La FIM también estará constituida por unidades con capacidad de ejecutar operaciones especiales en el ámbito marítimo. Además, contribuye a la protección de la Fuerza y a garantizar la seguridad física de las personas, bases, instalaciones y unidades de la Armada que así se determine. Se compone de:

Cuartel General de la Infantería de Marina.

Brigada de Infantería de Marina-Tercio de Armada (BRIMAR TEAR). 

Batallón de Cuartel General 

Batallón de Desembarco 1 

Batallón de Desembarco 2 

Batallón Mecanizado de Desembarco 3 

Grupo de Movilidad Anfibia 

Grupo de Apoyo de Servicios de Combate 

Grupo de Artillería de Desembarco   

Fuerza de Protección de la Armada (FUPRO) 

Cuartel general de la Fuerza de Protección de la Armada

Tercio del Norte 

Tercio del Levante 

Tercio del Sur 

Agrupación de Madrid 

Unidad de Seguridad de Canarias 

Fuerza de Guerra Naval Especial (FGNE) 

Existen otras unidades y centros de Infantería de Marina que no están encuadradas dentro de la Fuerza de Infantería de Marina. Éstas son:

La Compañía "Mar Océano" integrada en el Regimiento de la Guardia Real de S. M. el Rey.

La sección de Infantería de Marina que forma parte de la dotación del Portaaviones "Príncipe de Asturias".

2.6.-Flotilla de Submarinos (FLOSUB). La organización del Arma Submarina es la siguiente: 

Almirante de la Flota (ALFLOT)
Comandante de la Flotilla de Submarinos (COMSUBMAR)
Estado Mayor 

Base de Submarinos

Sección de Adiestramiento
Centro de Programas Tácticos de Submarinos (CPTSUB)
Submarino Galerna
Submarino Mistral
Submarino Tramontana
PREJUTAC
PREGRUSUB
GRUSUB. Secretaria
ALPER
ADIENA
DIRESUBMAR
Jefatura de Estudios
Armas
Táctica. Secc. Idiomas
Energía y Propulsión
Secc. Técnica 

2.7.-Flotilla de Aeronaves (FLOAN). Es el núcleo sobre el que se constituye las unidades aéreas embarcadas para contribuir a la constitución de todas las capacidades de la Fuerza de la Armada.

El Comandante de la Flotilla de Aeronaves es responsable ante el Almirante de la Flota de la preparación de sus Unidades y Centros, para ello cuenta una Jefatura de Órdenes que le auxilia en el desempeño de sus cometidos.

2.8.-Centro de Evaluación y Certificación para el Combate (CEVACO). Tiene como misión principal la evaluación y certificación para el combate de las unidades así como las secundarias de: llevar a cabo la evaluación operativa de las unidades o sistemas que se le ordene (EVALO), apoyar al mando orgánico en el adiestramiento de sus unidades, y asesorar al ALFLOT en materia de adiestramiento, seguridad operativa y riesgos laborales.

El CEVACO, bajo el mando de un Capitán de Navío del Cuerpo General, o Coronel del Cuerpo de Infantería de Marina, engloba a los siguientes órganos subordinados:
Una Jefatura de Órdenes
Dos órganos de evaluación y certificación, uno en la Bahía de Cádiz (EVADIZ) y otro en Cartagena (EVACART).
El Centro de Instrucción y Adiestramiento (CIA), que incluye al Centro de Adiestramiento de Seguridad Interior (CASI)
El Centro de Seguridad Operativa de la Flota (SEGOFLOT)

2.9.-Centro de Doctrina de la Flota (CEFLOT). Es el organismo de la Flota a través del cual el ALFLOT dirige, impulsa, coordina y controla el proceso de generación de Doctrina Táctica. Asimismo es responsable de la gestión de las observaciones y experiencias extraídas del análisis de las operaciones y ejercicios que elaboren los mandos de la Fuerza. También actúa como Secretaría Permanente de la Junta de Táctica, órgano de trabajo que proporciona los auxilios necesarios para el desarrollo de sus cometidos a la Junta.

Depende orgánicamente del ALFLOT y como Secretaría Permanente del Presidente de la Junta de Táctica de la Flota (PREJUTAC).

El CEFLOT para cumplir su misión tiene asignados tres cometidos de carácter general:

Coordinar y controlar la generación de Doctrina Táctica, y relacionarse con los organismos de generación de Doctrina Táctica nacional y aliada en nombre del ALFLOT, mediante la SECCIÓN DE DOCTRINA.

Gestionar el análisis de la Doctrina Táctica mediante el estudio de los Objetivos de Análisis, de las Lecciones Aprendidas, y de las conclusiones de los informes de análisis de ejercicios que efectúan los mandos orgánicos y operativos mediante la SECCIÓN DE ANÁLISIS.

Actuar como SECRETARÍA PERMANENTE de la JUTAC.